Năm 905, một liên minh của các nhà nước kế cận đánh bại và buộc Fortún Garcés thoái vị để về sống tại tu viện. Vương triều cũ cũng chấm dứt, nhường chỗ cho một gia tộc mới cai trị vương quốc. Danh xưng Navarra cũng bắt đầu được sử dụng cho vương quốc mới này thay cho tên gọi đang tồn tại lúc bấy giờ là Pamplona.

Sau khi Sancho IV xứ Navarra bị ám sát vào năm 1076, lãnh thổ Navarra bị chia cắt bởi hai người chú họ của ông này là Alfonso VI xứ Castilla và Sancho Ramírez xứ Aragon. Hai người sau này trở thành vua, mở đầu thời kỳ hơn nửa thế kỷ vùng đất là thuộc quốc của Aragon.

Cái chết của Alfonso I xứ Aragon mà không có có con hay người chỉ định nối dõi gây ra một cuộc khủng hoảng kế vị trên toàn xứ Aragon. Lợi dụng điều này, giới quý tộc xứ Navarra khôi phục lại nền độc lập của vương quốc bằng việc đưa cháu trai (của một người anh trai không hợp pháp) của Sancho IV lên ngôi vua.